光秀が信長を討った最大の動機は、信長の「皇位簒奪」の野望でった。 朝廷内の「反信長神聖同盟」との密約に基づいていた。まず、光秀が正真正銘の勤王主義者である。訳は天正７年 （１５７９）７月、光秀は丹波を平定したのに伴い、朝廷の御料所である山国荘を士豪の横領から回復した。

　朝廷は大いに喜んで勅使を下向させ、官位のない陪臣の光秀に賞詞と下賜品を与えた、これは異例の事で、 光秀は感激した。その時の事が書いてある「威光寺文書」によると「信長が上洛、天子を崇め奉り、禁裏を修復し、 お扶持米を納めた」と信長の勤王行為を讃えたうえで、「天下はすべて天皇の土地である」と、光秀は 宣言している。この文書は信長の「天下布武」路線を否定しかねない危険性を孕んでいる。

　何故なら信長は「天下」を「朝廷」より上位においていたからだ。怨恨説、野望説などが殆ど憶測で語られているが、 信長と光秀の仲がぎくしゃくしてくるのはずっと遅く、事変の１年前ぐらいからであることはあまり知られていない。 信長は天正８年（１５８０）８月、佐久間信盛親子を追放した弾劾書の中で、光秀を「天下の面目をほどこし候」と、 いの一番に褒めている。

　この時点で、光秀は信長のお気に入りの武将だった事は明白である。一方の光秀も「石ころのように落ちぶれていた 光秀を信長様が召し抱えて下さり、しかも大勢の家臣を預けて下さった。」その御恩に報いる為に、粉骨砕身して 働こう」と言っている。信長の朝廷圧迫政策が具体的な形を現したのは、天正７年の皇太子・誠仁（さねひと） 親王父子を二条御所に移徙（いし）させた時。これは信長の意のままになる「第二朝廷」の誕生だった。

　しかも、信長はその前後、親王の第四子・五宮を猶子にしている。もし五宮が即位すれば、信長は天皇の養父、 すなわち上皇（治天の君）になる。信長の究極目標は、これであった。「治天の君」とは、院政では天皇の上に 立つ天下の主権者。これは明らかに皇位簒奪であり、天皇家が息の根を止められる。信長が誠仁親王と五宮を 人質に皇位簒奪を実現するには、正親町天皇を譲位させなければならない。事実、信長は二度、譲位を迫ったが、 正親町の拒否に遭っている。

　天正１０年が明け、５月４日、官位から離脱していた信長を、なんとか朝廷の秩序に繋ぎ止めようとして、朝廷の 三職推任が行われた。関白・太政大臣・征夷大将軍のいずれかへの就任要請である。ところが、信長はあざ笑うかの ようにそれを拒否した。その直後に毛利征伐の号令が下る。正親町天皇は財政窮迫で、毛利元就の献金によって 即位式を行った経緯がある。後ろに毛利がいる限り、官位の譲位は難しいと判断して、信長は毛利征伐に乗り 出した。

　この後で、譲位を迫る考えである。この朝廷内には光秀と共謀したと思われ、限りなく黒い人物が二人いる。 従三位・神祗大副の吉田兼和（兼見）と前関兼和である。山崎の合戦前夜の６月１２日で筆を折っている。翌日、 光秀が敗死したことに気が動転した事は明らか。それ以後、再度その年の正月から日記を書き直したのが正本。 ヤバい箇所が明らかに改竄されている。

　正親町天皇が、「誠仁親王への譲位を決意した。」と言って信長を京に誘き出したのではないか、同時に 光秀にも征夷大将軍の位を賜る事を条件に謀反させた。